南京审计学院是我国唯一以“审计”命名的全日制普通本科院校，为我国审计高等教育发源地之一，为审而立、依审而兴、靠审而强。学校始建于1983年，1987年更为现名，2002年原南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院。2007年学校以“优秀”等级通过教育部本科教学工作水平评估。2009年经国务院学位委员会批准，学校被列入新增硕士学位授权立项建设单位。2011年学校被国务院学位委员会批准成为全国首批审计硕士专业学位授权单位。2011年教育部、财政部、审计署和江苏省人民政府共建南京审计学院。2013年学校正式获批为硕士学位（学术学位）授予单位，工商管理、应用经济学、理论经济学3个一级学科被批准为授权学科。2014年学校获批为金融、会计专业硕士研究生培养单位。